首先要明確的是:小規(guī)模納稅人開具增值稅發(fā)票專用發(fā)票，無論是自開還是稅務(wù)機關(guān)代開增值稅專用發(fā)票均要依法申報繳納增值稅。

一、如果是自開增值稅專用發(fā)票。一般由納稅人按季申報（按月申報）繳納增值稅。如果自開專用發(fā)票、自開普通發(fā)票以及未開票收入合計季度超過9萬元（如果按月申報超過3萬元），開具普通發(fā)票和未開票部分的收入也要按規(guī)定的征收率申報繳納增值稅。如果季度合計未超過9萬元或月度申報未超過3萬元，則只就開具增值稅專用發(fā)票部分繳納增值稅。

二、如果是稅務(wù)機關(guān)代開，則在代開時由稅務(wù)機關(guān)直接扣繳增值稅及相關(guān)城建稅等附稅費。如果自開普通發(fā)票、稅務(wù)機關(guān)代開專用發(fā)票以及未開票收入合計季度超過9萬元（如果按月申報超過3萬元），開具普通發(fā)票和未開票部分的收入也要按規(guī)定的征收率申報繳納增值稅。如果季度合計未超過9萬元或月度申報未超過3萬元，則只就開具增值稅專用發(fā)票部分繳納增值稅及相關(guān)城建稅及附稅費。

三、小規(guī)模納稅人不能抵扣增值稅進項稅額，只能實行增值稅簡易征收。

四、如果繳了增值稅，城建稅、教育費附加及地方教育費附加相應(yīng)也要依法繳納。

特別提醒:小規(guī)模企業(yè)類納稅人不涉及個人所得稅，如果是自然人則稅務(wù)機關(guān)代開時要扣繳個人所得稅。